PyMOL API tips

 PyMOLはタンパク質などの生体分子構造を見るためのツールで、構造生物学の分野で広く使われています。PyMOLの使い方は様々なサイトで説明されていますが、PyMOLのスクリプト機能については説明が少ないです。ここではPyMOLの持つスクリプト機能を活用するためのPyMOL APIのコマンドについて、記述します。


PyMOL APIのオブジェクトを呼び出す。

自作したスクリプトをPyMOL中で使う。

 

・よく使うcmd関数一覧

[PDBの情報をPyMOL上で抽出するための関数]

index: identifierと原子番号を返す。 id_atom: 原子番号を返す(1原子のみ)。identify: 原子番号を返す(複数の原子)。iterate: ユーザーが指定した要素(原子番号や残基名)を返す。iterate_state: 選択した原子に関する座標情報を返す。

[PyMOL上の原子表示を操作するための関数]